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无菌室一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。随着电子元器件向微小化方向发展，液晶面板已经升级至第八代，行业需求非常巨大。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌室的***验收指标

无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。

无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。

严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。

无菌室应备有工作浓度的消毒液，如5%的甲1酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。

无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。

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当前无菌室多存在于微生物工厂，一般实验室则使用超净台。无菌室与缓冲间均装有紫外灯，要求每3平方安装30W紫外灯一盏。超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。通过电动装置使空气通过高1效过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入。